新幹線を新たに建設しようとすると，しばしば問題になるのが「並行在来線」である．ところが，この並行在来線，定義がイマイチはっきりしないのでどの路線が該当するのか議論になりことが少なくない．
国土交通省のサイトには，こう書いてある．
http://www.mlit.go.jp/tetudo/tetudo_fr1_000041.html

• 　並行在来線とは、整備新幹線区間を並行する形で運行する在来線鉄道のことです。 　整備新幹線に加えて並行在来線を経営することは営業主体であるＪＲにとって過重な負担となる場合があるため、沿線全ての道府県及び市町村から同意を得た上で、整備新幹線の開業時に経営分離されることとなっています。

建設する新幹線が，在来線の真横にある場合で，しかも新幹線化されるであろう特急列車がそこをまさに走っている場合には特段異論は出にくい．ところが，在来線と新幹線が離れていたり，新幹線の横に在来線はあるのだが，新幹線化される特急列車がそこを走っていなかったりすると揉め事の原因になる．
上の文章をよく読むと，在来線の経営分離をする理由は「ＪＲにとって過重な負担となる場合がある」である．島の三社はともかく，本州三社は株式を全て民間に放出しているので，今やこのような配慮は過保護じゃないかと個人的には思っているのだが，とにかく理由は「ＪＲにとって過重な負担となる場合がある」である．加えて，公費建設するのに最初から特定の完全民間株式会社に対して経営権を保証しているのにも違和感があるし，新幹線開業後の新幹線の線路のリース料も「受益の範囲内」に設定されて，完全民営会社に利益を確約しているのも違和感がある．
さて，どんな場合に「ＪＲにとって過重な負担となる場合がある」かというと，ほとんどの在来線では特急列車の収益で路線を維持し，その路線上を普通列車や貨物列車を通しているような資金構造になっているので，特急が走らなくなると収益源を失って「ＪＲにとって過重な負担となる場合がある」というわけである．
とすると，並行在来線の定義は上に書いてある「整備新幹線区間を並行する形で運行する在来線鉄道」というよりは， ”新幹線の開業によって特急列車が走らなくなる在来線” と書いた方がより正確である．
例えば北陸新幹線は，敦賀まで工事中，その先はルート案が複数あって確定していないが，どのルートになろうとも終点が大阪である限りかならず発生するのは「湖西線の並行在来線問題」であり，滋賀県は必ずその問題に巻き込まれる．ただし，並行在来線については「経営分離」と書いてあるだけで，在来線の直接の沿線が全てを負担しなければならないとは書いていないことに留意する必要がある．要は，正しく受益者負担を考えるべし，ということである．以外と”忘れている主体”も利益を得ていることがある(しかも確約されてたりして)．
＃もっともそれ以前にいつも感じるのだが，財政力の弱い地方部での新幹線整備は地元負担がいろいろあり，国土軸付近ではほとんど地元負担がないのは不公平じゃないの，と感じる．